宝宝在出生后的头几个月中，自己的防御能力尚未健全，易受病媒的侵犯，母乳刚好可以提供这方面的支援。但是这种支援是有限的，并非万无一失。母乳喂养的宝宝也可能会出现一些问题。
1、母婴存在个体差异性
如果母体本身对目前周围流行的病媒都没有抗御能力的话，更何况已在母体外独立生活的宝宝呢?
2、肠胃以外部位受惠较少
喂食母乳是直接进入宝宝的胃肠，所以其胃肠方面的抵抗力会较佳，即不易腹泻、呕吐;但是在呼吸系统上的抵抗力则较弱。
所以在婴幼儿的成长阶段，难免尚会有鼻塞、咳嗽、气管炎、甚至肺炎等情况发生。
3、抗体减少
宝宝约到四五个月后，其体内来自母体血液传输的抗体明显减少，而单纯依赖母乳中的抗体也不足以应付外界层出不穷的病媒，所以生病次数自然会增加了。
4、非传染性的疾病
许多婴幼儿的疾病如咳嗽、鼻塞，可能与先天鼻腔的构造较狭窄及对环境的过敏有关，是众多因素相互作用下导致的症状。比如：宝宝尿道发炎可能与先天的肾脏及泌尿系统畸形有关;肺炎、气管炎可能是未被大人注意到的呛奶引起的刺激反应;腹泻、肠炎可能与饮食过敏有关;吐奶、溢奶则与胃敏感度有关，等等。
因此，“吃母乳的宝宝较不易生病”只是在统计学上比较的结果，但是如果随意找出几个宝宝来互相比较，则差异就不那么明显了。
5、父母过于敏感
另外，每个父母对宝宝症状的敏感度不同，有些父母太敏感了，只要宝宝打个喷嚏或吐一次奶，就认为宝宝生病了，急急忙忙就抱去找医生开药吃，或有时在医生面前描述的症状有可能夸大了些。有关病情的描述主要是以父母陈述为依据，而医生处方药物以针对症状为主，夸大的描述易使医生误诊，因此明明原是个健康的宝宝，也可能因为父母过于敏感，而做了一些不必要的检查或多吃了不少的药。
