由于咽部是饮食和呼吸的唯一途径，与外界相连，因此很容易隐藏细菌和异物，被细菌入侵，引起炎症。
在正常情况下，扁桃体粘液腺的持续分泌可以排出细菌和脱落的上皮细胞，以保持身体健康。但当身体因过度疲劳、感冒等原因而降低抵抗力时，扁桃体就会遭受细菌感染和炎症。如果治疗不标准，细菌可能会继续隐藏在扁桃体中，反复发作，最终成为慢性扁桃体炎。
由于出生后身体防御功能的需要，扁桃体在人3～5岁增长迅速，免疫功能相对活跃。
随着年龄的增长，其免疫功能逐渐被其他器官所取代。腺样体6～7岁开始萎缩，青春期后扁桃体逐渐萎缩，成年后只有少量残留组织。因此，扁桃体炎在儿童和青少年中很常见，常见症状有吞咽疼痛、寒冷、发烧、头痛等。慢性扁桃体炎表现为咽干、堵塞、分泌粘稠、不易咳嗽、口臭，其反复发作可诱发慢性肾炎、关节炎、风湿性心脏病等其他疾病，应积极治疗。头孢菌素是一般治疗的首选。如果药物治疗效果不好，如每月发炎一次，甚至每年发病四五次，可以考虑切除。
许多父母担心孩子的扁桃体切除术会影响免疫功能，但没有必要。一般来说，5岁以后，扁桃体的免疫功能相对较弱。虽然它身体的"卫兵"，但随着年龄的增长，其免疫功能也在减弱。
当它从防御器官变成感染侵入门户和病变时，缺点大于好处。如果手术适应症明显(如一段时间内经常发炎发烧，或扁桃体病变成诱发其他疾病的病变)，可以切除。一般来说，切除后对身体没有影响。
